Edo period, 1860s, Japan.
A young boy with a mechanical arm, Renya, encounters a mysterious ageless and immortal witch seeking partners for a new covenant.
This witch, named Reifū C.C., also comes alongside a band of foreign soldiers from the far-off land of Great Britain, seeking a lost girl to return home with.
Behind the British army stands a mysterious man with purple eyes and dark hair, with mysterious beings known as "knightmares" standing in opposition to Renya and his band...

A história se passa na linha oficial de Code Geass igual ao anime, mas em uma era diferente. O personagem do título, Renya, é um menino de 17 anos de idade, com um braço esquerdo mecânico e jogar estrelas shuriken é uma de suas armas de escolha. A história começa quando Renya encontra uma misteriosa e permanentemente jovem bruxa, chamado "Reifū CC" C.C. aparece na histórica era Edo do Japão para buscar um novo parceiro para a aliança. Enquanto isso, um homem misterioso, com uma notável semelhança com a personagem Lelouch do anime original também aparece com intenções desconhecidas.